1966年，动荡刚刚爆发的时候，陈老总对于这场带有明显政治倾向的运动还是比较宽容的，并没有表现出任何的反感，他觉得这就是一场年轻同志主导的“小打小闹”，过一段时间自然就会消解下去，到时候天还是天、地还是地，人民政权就还是人民政权。

但令老总万万没想到的是，动荡后来竟愈演愈烈，逐渐演化成一场席卷全国的阶级斗争，也正是在此时，一些老同志开始受到激烈批评，其中少奇同志更是屡次被“揪斗”，身心均受到巨大伤害。陈老总不忍老战友落得如此境遇，于是便在中央工作会议上公开为刘讲话，但结果却还是没能挽救刘，刘最终被隔离审查，失去了自由，并在1969年病逝。

时间来到1967年，陈老总终于对动荡忍无可忍，于是便和周总理、李先念将军等人对居心叵测者展开了一系列反击，要求尽快结束动荡，让国家重新回归正轨。居心叵测者为此对陈老总恨之入骨，张春桥等人为了针对老总，不惜捏造证据和事实，在毛主席面前告他的“黑状”。

陈老总得知此事后深感大事不妙，于是他立即写信给毛主席，希望主席不要听信居心叵测者的胡言乱语，自己从来没有做过任何对不起革命的事，一颗忠心天地可鉴。一周之后，毛主席给陈老总回了一封短信，安慰他不要急躁，事情还不像他想的那样糟糕。当年劳动节庆祝大会上，毛主席还专门和陈老总握了手，并一再强调自己会“保”陈老总。有了主席的保证，老总的心里方才轻松了一些。

可他万万没想到，居心叵测者并未因此罢休，他们随后又对陈老总展开了一系列污蔑和针对，陈老总随即对居心叵测者进行反驳，借以维护自己的名誉，但结果却并不如意，在居心叵测者的持续不断的攻击下，老总的名誉遭到污染，党内地位更是一落千丈。1969年，“九大”召开的时候，陈老总已然成了大家避之不及的人物，他在受邀进入“九大”会场期间，没有一个人主动和他搭话，甚至没有人愿意坐在他的旁边开会，这让他感到十分尴尬、不自在。

就在此时，许世友将军突然走到陈老总面前，向他敬了一个礼，随后高声喊道：首长好！陈老总是许世友的老上级，两人曾在华野并肩作战，情谊十分深厚。而许将军这般雪中送炭的行为也让陈老总感动不已，但老总担心自己和许将军关系过于密切的话，可能给许将军招来什么“灾祸”，因此他还是刻意和许将军保持距离，没有称呼许将军为“老下级”或者其他比较亲近的名字，而是比较郑重的称呼许为“许司令”。

紧接着，许将军坐在了陈老总身边，一再对他进行安慰，并且还送了一个毛主席像章给他作为礼物。许将军此举有两层深刻含义，第一是鼓励陈老总要向前看，不要为了一些小事纠结，居心叵测者就是狐假虎威的伪君子，“蹦跶”不了几天；第二是暗示陈老总，毛主席明察秋毫，绝对不会任由居心叵测者胡作非为。

在许将军的鼓励下，陈老总很快振作了起来，又重新投入到工作之中，以最饱满的热情继续革命，同时也不忘继续和居心叵测者做斗争。时间来到70年代初，陈老总被查出患上了癌症，他被迫离开工作岗位，转往北戴河疗养。期间毛主席还写信给陈老总，叮嘱他要好好休息，遵照医嘱按时服药、休息。

但令人遗憾的是，在1972年，陈老总还是因病去世，消息传到中南海，毛主席一时悲伤欲绝，不禁泪眼朦胧，陈老总可是井冈山出来的老同志，和毛主席一起革命数十年，与主席有着非常深厚的感情。主席对陈老总十分不舍，因此便想亲自参加老总的追悼会，送老总最后一程。

不过此时主席的身体状况已经很不乐观了，医生不建议主席出远门，还是待在菊香书屋静养比较好，可主席却坚持要去送别老同志。不久之后，在秘书的搀扶之下，毛主席来到了陈老总的灵堂前，向老总鞠躬，并敬献花圈，期间周总理为陈老总致悼词，毛主席就站在一边，侧耳倾听，时不时抬起袖口擦拭眼泪。等到周总理念完悼词后，主席才缓缓离去，又返回了菊香书屋。